企业管理学系成立于民国57年，民国77年成立管理学研究所，招收硕士班学生，并于民国83年与企管系合併。民国89年开始，成立硕士在职专班。目前一年招生大学部四班，硕士班、硕士在职专班各一班，在校学生接近一千二***。歷年分由李杰、邓健飞、刘石若、高孔廉、成嘉玲、樊志育、杨华胜、邓东滨、沈筱玲、林祝英、刘宗哲、阮金祥、王超弘、黄家齐、尚荣安与贾凯杰等先进相继出掌系务，积极延聘优良师资、课程规划多元性、鼓励教师研究以及提昇教学设备，学生学习成果丰硕。
目前企业管理学系共有助理教授以上专任老师28位。许多教授拥有实际经营企业或担任顾问的经验，也有多位教授由于学术研究成果杰出，在学界或政府单位中享有颇高的声誉。此外企业管理学系亦聘请了70多位学有专精的兼任教师，其中许多目前都在业界任职，将企管最新实务带进了校园。如此学术理论与实务经验兼具的师资阵容，在台湾各企管科系中，实属难得的优秀组合。未来亦将进一步引入新师资，期望带入崭新的管理观念与知识。
企业管理学系成立45年来，培育的系友已超过一万名，并形成日益紧密的系友组织，民国88年起并成立「财团法人东吴企管文教基金会」，结合系友力量协助本系发展。
东吴大学是一所有百年歷史的优良私立综合大学，学校以成为一所具有浑厚人文气息且富前瞻性的教学大学为目标，希望培育出具知识、常识、见识、胆识、赏识等内涵的东吴人，成为有创新及执行力的社会中坚人才。
